Pure Appl. Chem., 2012, Vol. 84, No. 9, pp. 1919-1930
http://dx.doi.org/10.1351/PAC-CON-11-09-33
Published online 2012-04-07
Exploring metal-driven stereoselectivity of glycopeptides by free-energy calculations
References
- 1. H. D. , S. G. Withers. Annu. Rev. Biochem. 68, 487 (1999). (http://dx.doi.org/10.1146/annurev.biochem.68.1.487)
- 2. L. G. , A. M. Gronenborn. Mini. Rev. Med. Chem. 5, 21 (2005).
- 3. J. . Science 164, 142 (1969). (http://dx.doi.org/10.1126/science.164.3876.142)
- 4. N. . Orig. Life Evol. Biosphere 32, 103 (2002).
- 5. P. G. , K. Twigger, E. Valiente, R. H. Langdon, B. W. Wren, A. Dell. Biochem. Soc. Trans. 38, 1307 (2010). (http://dx.doi.org/10.1042/BST0381307)
- 6. K. , J. Bones, J. J. Kattla, P. M. Rudd. Nat. Chem. Biol. 6, 713 (2010). (http://dx.doi.org/10.1038/nchembio.437)
- 7. P. M. , T. Elliott, P. Cresswell, I. A. Wilson, R. A. Dwek. Science 291, 2370 (2001). (http://dx.doi.org/10.1126/science.291.5512.2370)
- 8. R. G. . Glycobiology 12, 43R (2002). (http://dx.doi.org/10.1093/glycob/12.4.43R)
- 9. Y. C. . FASEB J. 6, 3193 (1992).
- 10. N. E. , L. Dedkova, B. Wang, S. Golovine, S. M. Hecht. J. Am. Chem. Soc. 129, 3586 (2007). (http://dx.doi.org/10.1021/ja067466n)
- 11. Q. , Z. Xu, B. R. Schroeder, W. Sun, F. Wei, S. Hashimoto, K. Konishi, C. J. Leitheiser, S. M. Hecht. J. Am. Chem. Soc. 129, 12439 (2007). (http://dx.doi.org/10.1021/ja0722729)
- 12. R. M. , D. S. Sholl. Nat. Mater. 2, 367 (2003). (http://dx.doi.org/10.1038/nmat879)
- 13. X. , K. Nakanishi, N. Berova. Chirality 12, 237 (2000). (http://dx.doi.org/10.1002/(SICI)1520-636X(2000)12:4<237::AID-CHIR10>3.0.CO;2-6)
- 14. R. , A. Raudino, L. M. Scolaro, N. Micali, R. Purrello. J. Am. Chem. Soc. 124, 894 (2002). (http://dx.doi.org/10.1021/ja017159b)
- 15. A. H. , P. J. Lombardi, R. V. O’Brien, A. R. Zhugralin. J. Am. Chem. Soc. 131, 8378 (2009). (http://dx.doi.org/10.1021/ja9030903)
- 16. G. I. , G. Arena, F. Bellia, G. Maccarrone, M. Parrinello, A. Pietropaolo, G. Vecchio, E. Rizzarelli. Chem.—Eur. J. 17, 9448 (2011). (http://dx.doi.org/10.1002/chem.201100313)
- 17. F. , D. La Mendola, C. Pedone, E. Rizzarelli, M. Saviano, G. Vecchio. Chem. Soc. Rev. 38, 2756 (2009). (http://dx.doi.org/10.1039/b718436k)
- 18. A. , M. Parrinello Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 12562 (2002). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.202427399)
- 19. C. Chipot, A. Pohorille. Free Energy Calculations: Theory and Applications in Chemistry and Biology, Springer, Berlin (2007).
- 20. A. , D. Branduardi, M. Bonomi, M. Parrinello. J. Comput. Chem. 32, 2627 (2011). (http://dx.doi.org/10.1002/jcc.21842)
- 21. J. , D. Branduardi, M. Parrinello, T. D. Pollard, G. A. Voth. Proc. Natl. Acad. Sci.USA 106, 12723 (2009). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.0902092106)
- 22. A. , M. Bonomi, M. Parrinello. Wiley Interdisc. Rev.: Comput. Mol. Sci. 1, 826 (2011). (http://dx.doi.org/10.1002/wcms.31)
- 23. D. , F. L. Gervasio, A. Cavalli, M. Recanatini, M. Parrinello. J. Am. Chem. Soc. 127, 9147 (2005). (http://dx.doi.org/10.1021/ja0512780)
- 24. M. , M. Parrinello. Phys. Rev. Lett. 104, 190601 (2010). (http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.104.190601)
- 25. X. , W. F. Van Gunsteren, A. E. Mark. Angew. Chem., Int. Ed. 34, 269 (1999).
- 26. W. F. , D. Bakowies, R. Baron, I. Chandrasekhar, M. Christen, X. Daura, P. Gee, D. P. Geerke, A. Glättli, P. H. Hünenberger, M. A. Kastenholz, C. Oostenbrink, M. Schenk, D. Trzesniak, N. F. van der Vegt, H. B. Yu. Angew. Chem., Int. Ed. 45, 4064 (2006). (http://dx.doi.org/10.1002/anie.200502655)
- 27. H. . Phys. Rev. E 52, 2893 (1995). (http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevE.52.2893)
- 28. H. , B. Heymann, P. Tavan. Science 271, 997 (1996). (http://dx.doi.org/10.1126/science.271.5251.997)
- 29. G. A. , M. Ceriotti, M. Parrinello. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 107, 17509 (2010). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.1011511107)
- 30. M. , G. A. Tribello, M. Parrinello. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 108, 13023 (2011). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.1108486108)
- 31. A. , G. Bussi, M. Parrinello. Phys. Rev. Lett. 100, 020603 (2008). (http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.100.020603)
- 32. J. G. . J. Chem. Phys. 3, 300 (1935). (http://dx.doi.org/10.1063/1.1749657)
- 33. J. L. , C. L. Brooks III. J. Comput. Chem. 30, 1692 (2009). (http://dx.doi.org/10.1002/jcc.21295)
- 34. W. L. , L. L. Thomas. J. Chem. Theory Comput. 4, 869 (2008). (http://dx.doi.org/10.1021/ct800011m)
- 35. X. , C. L. Brooks III. J. Chem. Phys. 105, 2414 (1996). (http://dx.doi.org/10.1063/1.472109)
- 36. J. , C. Medina, J. E. Samuelsson. Protein Eng. 7, 385 (1994). (http://dx.doi.org/10.1093/protein/7.3.385)
- 37. M. , G. Ciccotti. J. Chem. Phys. 109, 7737 (1998). (http://dx.doi.org/10.1063/1.477419)
- 38. J. N. , J. P. Valleau. J. Chem. Phys. 63, 2334 (1975). (http://dx.doi.org/10.1063/1.431685)
- 39. M. Parrinello. In Physical Biology from Atoms to Medicine, A. H. Zewail (Ed.), pp. 247–265, Imperial College Press, London (2008).
- 40. V. , F. Marinelli, P. Carloni, M. Parrinello. Curr. Opin. Struct. Biol. 20, 148 (2010). (http://dx.doi.org/10.1016/j.sbi.2010.01.011)
- 41. J. , M. Krack, F. Mohamed, M. Parrinello, T. Chassaing, J. Hutter. Comput. Phys. Commun. 167, 103 (2005). (http://dx.doi.org/10.1016/j.cpc.2004.12.014)
- 42. H. C. , J. T. Szymanski. Acta Crystallogr. 22, 406 (1967). (http://dx.doi.org/10.1107/S0365110X67000787)
- 43. G. , J. Hutter, M. Parrinello. Mol. Phys. 92, 477 (1997).
- 44. J. P. , K. Burke, M. Ernzerhof. Phys. Rev. Lett. 77, 3865 (1996). (http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.77.3865)
- 45. S. , M. Teter, J. Hutter. Phys. Rev. B: Condens. Matter 54, 1703 (1996). (http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevB.54.1703)
- 46. C. , S. Goedecker, J. Hutter. Phys. Rev. B: Condens. Matter 58, 3641 (1998). (http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevB.58.3641)
- 47. W. L. . J. Am. Chem. Soc. 103, 335 (1981). (http://dx.doi.org/10.1021/ja00392a016)
- 48. W. G. . Phys. Rev. A 31, 1695 (1985). (http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevA.31.1695)
- 49. S. . Mol. Phys. 52, 255 (1984). (http://dx.doi.org/10.1080/00268978400101201)
- 50. J. C. , R. Braun, W. Wang, J. Gumbart, E. Tajkhorshid, E. Villa, C. Chipot, R. D. Skeel, L. Kalé, K. Schulten. J. Comput. Chem. 26, 1781 (2005). (http://dx.doi.org/10.1002/jcc.20289)
- 51. A. D. Jr., M. Feig, C. L. Brooks III. J. Comput. Chem. 25, 1400 (2004). (http://dx.doi.org/10.1002/jcc.20065)
- 52. M. , D. Branduardi, G. Bussi, C. Camilloni, D. Provasi, P. Raiteri, D. Donadio, F. Marinelli, F. Pietrucci, R. A. Broglia, M. Parrinello. Comput. Phys. Commun. 180, 1961 (2009). (http://dx.doi.org/10.1016/j.cpc.2009.05.011)
