Pure and Applied Chemistry

Pure Appl. Chem., 2011, Vol. 83, No. 1, pp. 151-165

http://dx.doi.org/10.1351/PAC-CON-10-11-06

Published online 2010-12-01

Chemistry meets nutrition: Toward a systems biological description of human metabolism*

References

• 1. D. Voet, J. G. Voet. Biochemistry, John Wiley, Hoboken (2004).
• 2. D. S. Wishart, D. Tzur, C. Knox, R. Eisner, A. C. Guo, N. Young, D. Cheng, K. Jewell, D. Arndt, S. Sawhney, C. Fung, L. Nikolai, M. Lewis, M. A. Coutouly, I. Forsythe, P. Tang, S. Shrivastava, K. Jeroncic, P. Stothard, G. Amegbey, D. Block, D. D. Hau, J. Wagner, J. Miniaci, M. Clements, M. Gebremedhin, N. Guo, Y. Zhang, G. E. Duggan, G. D. Macinnis, A. M. Weljie, R. Dowlatabadi, F. Bamforth, D. Clive, R. Greiner, L. Li, T. Marrie, B. D. Sykes, H. J. Vogel, L. Querengesser. Nucleic Acids Res. 35, D521 (2007). (http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkl923)
• 3. <http://www.hmdb.ca/>.
• 4. D. S. Wishart, C. Knox, A. C. Guo, R. Eisner, N. Young, B. Gautam, D. D. Hau, N. Psychogios, E. Dong, S. Bouatra, R. Mandal, I. Sinelnikov, J. Xia, L. Jia, J. A. Cruz, E. Lim, C. A. Sobsey, S. Shrivastava, P. Huang, P. Liu, L. Fang, J. Peng, R. Fradette, D. Cheng, D. Tzur, M. Clements, A. Lewis, A. De Souza, A. Zuniga, M. Dawe, Y. Xiong, D. Clive, R. Greiner, A. Nazyrova, R. Shaykhutdinov, L. Li, H. J. Vogel, I. Forsythe. Nucleic Acids Res. 37, D603 (2009). (http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkn810)
• 5. C. Bogdan. Ency. Life Sci. 1 (2006).
• 6. G. Trinchieri, A. Sher. Nat. Rev. Immunol. 7, 179 (2007). (http://dx.doi.org/10.1038/nri2038)
• 7. J. C. Rodríguez-Prados, P. G. Través, J. Cuenca, D. Rico, J. Aragonés, P. Martín-Sanz, M. Cascante, L. Boscá. J. Immunol. 185, 605 (2010). (http://dx.doi.org/10.4049/jimmunol.0901698)
• 8. L. Bird. Nat. Rev. Immunol. 10, 750 (2010). (http://dx.doi.org/10.1038/nri2880)
• 9. A. Kosteli, E. Sugaru, G. Haemmerle, J. F. Martin, J. Lei, R. Zechner, A. W. Ferrante Jr. J. Clin. Invest. 120, 3466 (2010). (http://dx.doi.org/10.1172/JCI42845)
• 10. World Health Organization (WHO). Diet, Nutrition and the Prevention of Chronic Diseases, WHO Technical Report Series 916, Geneva (2003).
• 11. T. Tzotzas, P. Evangelou, D. N. Kiortsis. Obes. Rev. (2010). In press.
• 12. J. Dyerberg, H. O. Bang, E. Stoffersen, S. Moncada, J. R. Vane. Lancet 312, 117 (1978). (http://dx.doi.org/10.1016/S0140-6736(78)91505-2)
• 13. F. M. Sacks, A. Lichtenstein, L. Van Horn, W. Harris, P. Kris-Etherton, M. Winston, American Heart Association Nutrition Committee. Circulation 113, 1034 (2006). (http://dx.doi.org/10.1161/CIRCULATIONAHA.106.171052)
• 14. <http://www.wikipedia.org/>.
• 15. <http://www.lipidmaps.org/>.
• 16. T. Illig, C. Gieger, G. Zhai, W. Römisch-Margl, R. Wang-Sattler, C. Prehn, E. Altmaier, G. Kastenmüller, B. S. Kato, H. W. Mewes, T. Meitinger, M. H. de Angelis, F. Kronenberg, N. Soranzo, H. E. Wichmann, T. D. Spector, J. Adamski, K. Suhre. Nat. Genet. 42, 137 (2010). (http://dx.doi.org/10.1038/ng.507)
• 17. M. Z. Ding, B. Z. Li, J. S. Cheng, Y. J. Yuan. OMICS 14, 553 (2010). (http://dx.doi.org/10.1089/omi.2010.0015)
• 18. M. Gromova, C. Roby. Physiol. Plant. 140, 111 (2010). (http://dx.doi.org/10.1111/j.1399-3054.2010.01387.x)
• 19. A. M. Aura, I. Mattila, T. Hyötyläinen, P. Gopalacharyulu, C. Bounsaythip, M. Orešič, K. M. Oksman-Caldentey. Mol. Biosyst. (2010). In press.
• 20. G. Birungi, S. M. Chen, B. P. Loy, M. L. Ng, S. F. Li. J. Proteome Res. (2010). In press.
• 21. T. R. Northen, J. C. Lee, L. Hoang, J. Raymond, D. R. Hwang, S. M. Yannone, C. H. Wong, G. Siuzdak. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 105, 3678 (2008). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.0712332105)
• 22. P. J. Turnbaugh, J. I. Gordon. Cell 134, 708 (2008). (http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2008.08.025)
• 23. J. M. Vieites, M. E. Guazzaroni, A. Beloqui, P. N. Golyshin, M. Ferrer. FEMS Microbiol. Rev. 33, 236 (2009). (http://dx.doi.org/10.1111/j.1574-6976.2008.00152.x)
• 24. M. Cascante, S. Marin. Essays Biochem. 45, 67 (2008). (http://dx.doi.org/10.1042/BSE0450067)
• 25. <http://omics.org/>.
• 26. M. G. Vander Heiden, J. W. Locasale, K. D. Swanson, H. Sharfi, J. Heffron, D. Amador-Noguez, H. R. Christofk, G. Wagner, J. D. Rabinowitz, J. M. Asara, L. C. Cantley. Science 329, 1492 (2010). (http://dx.doi.org/10.1126/science.1188015)
• 27. A. Beloqui, M. E. Guazzaroni, F. Pazos, J. M. Vieites, M. Godoy, O. V. Golyshina, T. N. Chernikova, A. Waliczek, R. Silva-Rocha, Y. Al-Ramahi, V. La Cono, C. Mendez, J. A. Salas, R. Solano, M. M. Yakimov, K. N. Timmis, P. N. Golyshin, M. Ferrer. Science 326, 252 (2009). (http://dx.doi.org/10.1126/science.1174094)
• 28. M. Kanehisa, S. Goto, S. Kawashima, Y. Okuno, M. Hattori. Nucleic Acids Res. 32, D277 (2004). (http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkh063)
• 29. B. Alberts. Science 327, 144 (2010). (http://dx.doi.org/10.1126/science.1186078)
• 30. <http://www.scienceofcollaboratories.org/>.
• 31. M. Scudellari. The Scientist 23, 51 (2009).
• 32. M. Schmitt, J. Popp. J. Raman Spectrosc. 37, 20 (2006). (http://dx.doi.org/10.1002/jrs.1486)
• 33. C. Krafft, B. Dietzek, J. Popp. Analyst 134, 1046 (2009a). (http://dx.doi.org/10.1039/b822354h)
• 34. C. Krafft, A. Ramoji Anuradha, C. Bielecki, N. Vogler, T. Meyer, D. Akimov, P. Rösch, M. Schmitt, B. Dietzek, I. Petersen, A. Stallmach, J. Popp. J. Biophotonics 2, 303 (2009). (http://dx.doi.org/10.1002/jbio.200810063)
• 35. M. Harz, M. Kiehntopf, S. Stöckel, P. Rösch, E. Straube, T. Deufel, J. Popp. J. Biophotonics 2, 70 (2009). (http://dx.doi.org/10.1002/jbio.200810068)
• 36. M. Krause, B. Radt, P. Rösch, J. Popp. J. Raman Spectrosc. 38, 369 (2007). (http://dx.doi.org/10.1002/jrs.1721)
• 37. M. Krause, P. Rösch, B. Radt, J. Popp. Anal. Chem. 80, 8568 (2008). (http://dx.doi.org/10.1021/ac8014559)
• 38. P. Rösch, M. Harz, M. Schmitt, J. Popp. J. Raman Spectrosc. 36, 377 (2005). (http://dx.doi.org/10.1002/jrs.1312)
• 39. P. Rösch, M. Harz, K. D. Peschke, O. Ronneberger, H. Burkhardt, J. Popp. Biopolymers 82, 312 (2006). (http://dx.doi.org/10.1002/bip.20449)
• 40. T. Bocklitz, M. Putsche, C. Stüber, J. Käs, A. Niendorf, P. Rösch, J. Popp. J. Raman Spectrosc. 40, 1759 (2009). (http://dx.doi.org/10.1002/jrs.2529)
• 41. U. Schmid, P. Rösch, M. Krause, M. Harz, J. Popp, K. Baumann. Chemom. Intell. Lab. Syst. 96, 159 (2009). (http://dx.doi.org/10.1016/j.chemolab.2009.01.008)
• 42. C. Krafft, T. Knetschke, R. H. W. Funk, R. Salzer. Anal. Chem. 78, 4424 (2006). (http://dx.doi.org/10.1021/ac060205b)
• 46. H. J. van Manen, A. Lenferink, C. Otto. Anal. Chem. 80, 9576 (2008). (http://dx.doi.org/10.1021/ac801841y)
• 44. T. Chernenko, C. Matthäus, L. Milane, L. Quintero, M. Amiji, M. Diem. ACS Nano 3, 3552 (2009). (http://dx.doi.org/10.1021/nn9010973)
• 45. C. Matthäus, A. Kale, T. Chernenko, V. Torchilin. Mol. Pharm. 5, 287 (2008). (http://dx.doi.org/10.1021/mp7001158)
• 46. C. Matthäus, T. Chernenko, L. Quintero, L. Milane, A. Kale, M. Amiji, V. Torchilin, M. Diem. Proc. SPIE 6991, 699106-1-8 (2008).
• 47. H. J. van Manen, Y. M. Kraan, D. Roos, C. Otto. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102, 10159 (2005). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.0502746102)
• 48. P. Cullen, J. Rauterberg, S. Lorkowski. Handb. Exp. Pharmacol. 170, 3 (2005). (http://dx.doi.org/10.1007/3-540-27661-0_1)
• 49. S. Lorkowski, P. Cullen. Ency. Life Sci. 1 (2007).
• 50. I. Buers, H. Robenek, S. Lorkowski, Y. Nitschke, N. J. Severs, O. Hofnagel. Arterioscler. Thromb. Vasc. Biol. 29, 767 (2009). (http://dx.doi.org/10.1161/ATVBAHA.108.182675)
• 51. H. Robenek, S. Lorkowski, M. Schnoor, D. Troyer. J. Biol. Chem. 280, 5789 (2005). (http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M407194200)
• 52. H. Robenek, I. Buers, O. Hofnagel, S. Lorkowski, N. J. Severs. J. Cell Mol. Med. 13, 1381 (2009). (http://dx.doi.org/10.1111/j.1582-4934.2008.00407.x)
• 53. H. Robenek, M. J. Robenek, I. Buers, S. Lorkowski, O. Hofnagel, D. Troyer, N. J. Severs. J. Biol. Chem. 280, 26330 (2005). (http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M413312200)
• 54. S. Lorkowski. J. Mol. Med. 86, 129 (2008). (http://dx.doi.org/10.1007/s00109-007-0293-z)
• 55. C. Matthäus, G. Bergner, C. Krafft, B. Dietzek, S. Lorkowski, J. Popp. Proc. SPIE 7715, 771511-1-8 (2010).
• 56. C. Matthäus, J. Popp, S. Lorkowski. Unpublished results.
• 57. Y. T. Kruszynska, H. S. Sherratt. Biochem. Pharmacol. 36, 3917 (1987). (http://dx.doi.org/10.1016/0006-2952(87)90458-8)
• 58. Y. Emre, T. Nübel. FEBS Lett. 584, 1437 (2010). (http://dx.doi.org/10.1016/j.febslet.2010.03.014)