Pure Appl. Chem., 2010, Vol. 82, No. 8, pp. 1609-1621
http://dx.doi.org/10.1351/PAC-CON-09-09-29
Published online 2010-06-04
The role of G-quadruplex/i-motif secondary structures as cis-acting regulatory elements
References
- 1. J. D. , F. H. C. Crick. Nature 171, 737 (1953). (http://dx.doi.org/10.1038/171737a0)
- 2. R. E. , R. Gosling. Nature 171, 740 (1953). (http://dx.doi.org/10.1038/171740a0)
- 3. F. M. , T. M. Jovin. J. Mol. Biol. 67, 375 (1972). (http://dx.doi.org/10.1016/0022-2836(72)90457-3)
- 4. A. H.-J. , G. J. Quigley, F. J. Kolpak, J. L. Crawford, J. H. van Boom, G. van der Marel, A. Rich. Nature 282, 680 (1979). (http://dx.doi.org/10.1038/282680a0)
- 5. H. , T. Takano, T. Tanaka, K. Itakura, R. E. Dickerson. Nature 286, 567 (1980). (http://dx.doi.org/10.1038/286567a0)
- 6. R. R. , T. J. Kochel. Biochemistry 26, 1343 (1987). (http://dx.doi.org/10.1021/bi00379a021)
- 7. D. M. , J. R. Hallam. J. Mol. Biol. 180, 179 (1984). (http://dx.doi.org/10.1016/0022-2836(84)90436-4)
- 8. H. , J. E. Dahlberg. Science 243, 1571 (1989). (http://dx.doi.org/10.1126/science.2648571)
- 9. D. , L. H. Hurley. J. Med. Chem. 52, 2863 (2009). (http://dx.doi.org/10.1021/jm900055s)
- 10. F. , J. Liu, S. Sanford, H. J. Chung, D. Levens. Nat. Struct. Mol. Biol. 11, 1092 (2004). (http://dx.doi.org/10.1038/nsmb848)
- 11. R. R. Sinden. DNA Structure and Function, Academic Press, San Diego (1994).
- 12. F. , D. Levens. Front. Biosci. 12, 4409 (2007). (http://dx.doi.org/10.2741/2398)
- 13. L. F. , J. C. Wang. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84, 7024 (1987). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.84.20.7024)
- 14. Z. , P. Droge. EMBO J. 15, 581 (1996).
- 15. D. A. , V. Croquette, C. Dekker, S. Shuman, S. N. H. Dekker. Nature 434, 671 (2005). (http://dx.doi.org/10.1038/nature03395)
- 16. X. , Y. Shav-Tal, V. de Turris, Y. Brody, S. M. Shenoy, R. D. Phair, R. H. Singer. Nat. Struct. Mol. Biol. 14, 796 (2007). (http://dx.doi.org/10.1038/nsmb1280)
- 17. F. , S. Sanford, Z. Elisha-Feil, D. Levens. Nat. Struct. Mol. Biol. 15, 146 (2008). (http://dx.doi.org/10.1038/nsmb.1372)
- 18. D. M. . Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77, 6468 (1980). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.77.11.6468)
- 19. J. R. , M. K. Raghuraman, T. R. Cech. Cell 59, 871 (1989). (http://dx.doi.org/10.1016/0092-8674(89)90610-7)
- 20. J. L. , K. Gehring, A. Kettani, M. Gueron. Biochemistry 32, 6019 (1993). (http://dx.doi.org/10.1021/bi00074a013)
- 21. L. , L. Cai, X. Zhang, A. Rich. Biochemistry 33, 13540 (1994). (http://dx.doi.org/10.1021/bi00250a005)
- 22. M. , J. L. Leroy. Curr. Opin. Struct. Biol. 10, 326 (2000). (http://dx.doi.org/10.1016/S0959-440X(00)00091-9)
- 23. T. A. , L. H. Hurley. Nat. Rev. Cancer 9, 849 (2009).
- 24. J. L. , S. Balasubramanian. Nucleic Acids Res. 35, 406 (2007). (http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkl1057)
- 25. J. L. , S. Balasubramanian. Nucleic Acids Res. 33, 2908 (2005). (http://dx.doi.org/10.1093/nar/gki609)
- 26. A. K. , M. Johnston, S. Neidle. Nucleic Acids Res. 33, 2901 (2005). (http://dx.doi.org/10.1093/nar/gki553)
- 27. A. , K. Halder, R. Halder, V. K. Yadav, P. Rawal, R. K. Thakur, F. Mohd, A. Sharma, S. Chowdhury. J. Med. Chem. 51, 5641 (2008). (http://dx.doi.org/10.1021/jm800448a)
- 28. Y. , L. H. Hurley. Biochimie 90, 1149 (2008). (http://dx.doi.org/10.1016/j.biochi.2008.02.020)
- 29. P. , J. Huppert, S. Balasubramanian, S. Neidle. J. Am. Chem. Soc. 126, 16405 (2004). (http://dx.doi.org/10.1021/ja045154j)
- 30. A. , K. R. Fox. Nucleic Acids Res. 32, 2598 (2004). (http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkh598)
- 31. A. , S. Balasubramanian. Biochemistry 47, 689 (2008). (http://dx.doi.org/10.1021/bi701873c)
- 32. S. , Y. Akiyama, S. M. Hecht, L. H. Hurley. J. Am. Chem. Soc. 131, 17667 (2009). (http://dx.doi.org/10.1021/ja9076292)
- 33. J. , N. Maizels. Nucleic Acids Res. 34, 3887 (2006). (http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkl529)
- 34. J. L. . Biochimie 90, 1140 (2008). (http://dx.doi.org/10.1016/j.biochi.2008.01.014)
- 35. D. , K. Guo, J. J. Rusche, L. H. Hurley. Nucleic Acids Res. 33, 6070 (2005). (http://dx.doi.org/10.1093/nar/gki917)
- 36. K. , V. Gokhale, L. H. Hurley, D. Sun. Nucleic Acids Res. 36, 4598 (2008). (http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkn380)
- 37. S. , A. P. Reszka, J. Huppert, M. Zloh, G. N. Parkinson, A. K. Todd, S. Ladame, S. Balasubramanian, S. Neidle. J. Am. Chem. Soc. 127, 10584 (2005). (http://dx.doi.org/10.1021/ja050823u)
- 38. H. , A. P. Reszka, J. Huppert, S. Ladame, S. Rankin, A. R. Venkitaraman, S. Neidle, S. Balasubramanian. Biochemistry 45, 7854 (2006). (http://dx.doi.org/10.1021/bi0601510)
- 39. A. T. , V. Kuryavyi, S. Burge, S. Neidle, D. J. Patel. J. Am. Chem. Soc. 129, 4386 (2007). (http://dx.doi.org/10.1021/ja068739h)
- 40. P. S. , B. Okumus, L. Ying, T. Ha, S. Balasubramanian. J. Am. Chem. Soc. 129, 7484 (2007). (http://dx.doi.org/10.1021/ja070497d)
- 41. S. , R. M. Memmott, D. J. Uribe, Y. Krotova-Khan, L. H. Hurley, S. W. Ebbinghaus. Nucleic Acids Res. 36, 1755 (2008). (http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkm1069)
- 42. Y. , E. M. Rezler, V. Gokhale, D. Sun, L. H. Hurley. Nucleic Acids Res. 35, 7698 (2007). (http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkm538)
- 43. K. , A. Pourpak, K. Beetz-Rogers, V. Gokhale, D. Sun, L. H. Hurley. J. Am. Chem. Soc. 129, 10220 (2007). (http://dx.doi.org/10.1021/ja072185g)
- 44. S. , L. E. Xodo. Nucleic Acids Res. 34, 2536 (2006). (http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkl286)
- 45. R. , S. Wood, D. Sun, L. H. Hurley, S. W. Ebbinghaus. Biochemistry 44, 16341 (2005). (http://dx.doi.org/10.1021/bi051618u)
- 46. T. , D. Sun, L. H. Hurley. J. Am. Chem. Soc. 128, 5404 (2006). (http://dx.doi.org/10.1021/ja0563861)
- 47. J. , T. S. Dexheimer, D. Chen, M. Carver, A. Ambrus, R. A. Jones, D. Yang. J. Am. Chem. Soc. 128, 1096 (2006). (http://dx.doi.org/10.1021/ja055636a)
- 48. J. , D. Chen, R. A. Jones, L. H. Hurley, D. Yang. Nucleic Acids Res. 34, 5133 (2006). (http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkl610)
- 49. H. , Y. Liu, S. Lin, G. Yuan. Chem.—Eur. J. 15, 2445 (2009). (http://dx.doi.org/10.1002/chem.200801922)
- 50. S. L. , S. W. Ebbinghaus, L. H. Hurley. J. Am. Chem. Soc. 131, 10878 (2009). (http://dx.doi.org/10.1021/ja902281d)
- 51. Y. , H. Sugiyama. Nucleic Acids Res. 34, 949 (2006). (http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkj485)
- 52. T. , R. Sjoback. J. Biol. Chem. 274, 17379 (1999). (http://dx.doi.org/10.1074/jbc.274.24.17379)
- 53. A. , C. L. Grand, D. J. Bearss, L. H. Hurley. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 11593 (2002). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.182256799)
- 54. A. T. , Y. S. Modi, D. J. Patel. J. Am. Chem. Soc. 126, 8710 (2004). (http://dx.doi.org/10.1021/ja048805k)
- 55. J. , E. M. Rezler, T. J. Powell, D. Tye, V. Gokhale, C. S. Joshi, A. Siddiqui-Jain, L. H. Hurley. J. Am. Chem. Soc. 126, 8702 (2004). (http://dx.doi.org/10.1021/ja040022b)
- 56. A. , D. Chen, J. Dai, R. A. Jones, D. Yang. Biochemistry 44, 2048 (2005). (http://dx.doi.org/10.1021/bi048242p)
- 57. D. , L. H. Hurley. Nucleosides Nucleotides 25, 951 (2006).
- 58. T. , M. Pribylova, M. Vorlickova. Biochem. Biophys. Res. Commun. 278, 158 (2000). (http://dx.doi.org/10.1006/bbrc.2000.3783)
- 59. N. , A. Avino, R. Tauler, C. Gonzalez, R. Eritja, R. Gargallo. Biochimie 89, 1562 (2007). (http://dx.doi.org/10.1016/j.biochi.2007.07.026)
- 60. A. T. , J. L. Mergny. Nucleic Acids Res. 30, 4618 (2002). (http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkf597)
- 61. W. , P. Wu, T. Ohmichia, N. Sugimotoa. FEBS Lett. 526, 77 (2002). (http://dx.doi.org/10.1016/S0014-5793(02)03118-6)
- 62. N. , S. Maiti. Biochem. Biophys. Res. Commun. 319, 759 (2004). (http://dx.doi.org/10.1016/j.bbrc.2004.05.052)
- 63. Y. , Z. Y. Kan, Z. X. Zeng, Y. H. Hao, H. Chen, Z. Tan. J. Am. Chem. Soc. 126, 13255 (2004). (http://dx.doi.org/10.1021/ja048398c)
- 64. K. , S. Chowdhury. Nucleic Acids Res. 33, 4466 (2005). (http://dx.doi.org/10.1093/nar/gki750)
- 65. A. , D. R. Nair, S. Maiti. FEBS Lett. 276, 3628 (2009).
- 66. M. . Front. Biosci. 12, 4336 (2007). (http://dx.doi.org/10.2741/2391)
- 67. M. , A. Membrino, S. Cogoi, H. Fukuda, H. Nakagama, L. E. Xodo. Nucleic Acids Res. 37, 2841 (2009). (http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkp138)
- 68. T. S. , S. S. Carey, S. Zuohe, V. M. Gokhale, X. Hu, L. B. Murata, E. M. Maes, A. Weichsel, D. Sun, E. J. Meuillet, W. R. Montfort, L. H. Hurley. Mol. Cancer Ther. 8, 1363 (2009). (http://dx.doi.org/10.1158/1535-7163.MCT-08-1093)
- 69. R. K. , P. Kumar, K. Halder, A. Verma, A. Kar, J. L. Parent, R. Basundra, A. Kumar, S. Chowdhury. Nucleic Acids Res. 37, 172 (2009). (http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkn919)
- 70. V. , K. Guo, L. Hurley, D. Sun. J. Biol. Chem. 284, 23622 (2009). (http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M109.018028)
- 71. S. , M. Paramasivam, B. Spolaore, L. E. Xodo. Nucleic Acids Res. 36, 3765 (2008). (http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkn120)
- 72. J. , M. A. Read, S. Neidle. Mini Rev. Med. Chem. 3, 11 (2003).
- 73. A. T. , V. Kuryavyi, H. Y. Gaw, D. J. Patel. Nat. Chem. Biol. 1, 167 (2005). (http://dx.doi.org/10.1038/nchembio723)
- 74. J. , S. Bashyam, V. Gokhale, H. Vankayalapati, D. Sun, A. Siddiqui-Jain, N. Streiner, K. Shin-ya, E. White, W. D. Wilson, L. H. Hurley. J. Am. Chem. Soc. 127, 2944 (2005). (http://dx.doi.org/10.1021/ja0444482)
- 75. L. H. , D. D. Von Hoff, A. Siddiqui-Jain, D. Yang. Semin. Oncol. 33, 498 (2006). (http://dx.doi.org/10.1053/j.seminoncol.2006.04.012)
- 76. H. , D. R. Langley, A. Rangan, L. H. Hurley. J. Am. Chem. Soc. 123, 8902 (2001). (http://dx.doi.org/10.1021/ja002179j)
- 77. M. , S. Swank, S. M. Haider, K. Galesa, A. P. Reszka, M. Beltran, F. Cuenca, J. A. Fletcher, S. Neidle. J. Med. Chem. 52, 3774 (2009). (http://dx.doi.org/10.1021/jm900424a)
- 78. Z. A. E. , S. A. Sewitz, S. T. D. Hsu, S. Balasubramanian. J. Am. Chem. Soc. 131, 12628 (2009). (http://dx.doi.org/10.1021/ja901892u)
- 79. C. , E. Mochon, M. Arcinas, L. M. Boxer. J. Biol. Chem. 272, 19609 (1997). (http://dx.doi.org/10.1074/jbc.272.31.19609)
- 80. H. , Y. Liu, S. Lin, G. Yuan. Chem.—Eur. J. 15, 2445 (2009). (http://dx.doi.org/10.1002/chem.200801922)
- 81. M. , P. Buck, A. Avino, J. Jaumot, C. Gonzalez, R. Eritja, R. Gargallo. Biochimie 91, 894 (2009). (http://dx.doi.org/10.1016/j.biochi.2009.04.012)
- 82. H. , R. Rodriquez, S. Balasubramanian. Biochemistry 47, 9365 (2008). (http://dx.doi.org/10.1021/bi800983u)
- 83. H. , S. Sewitz, J. Darot, S. Tavare, J. L. Huppert, S. Balasubramanian. Nucleic Acids Res. 37, 6716 (2009). (http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkp740)
