Pure and Applied Chemistry

Pure Appl. Chem., 2008, Vol. 80, No. 8, pp. 1837-1847

http://dx.doi.org/10.1351/pac200880081837

Oxygenases for oxygen sensing

References

• 1. G. L. Wang, B. H. Jiang, E. A. Rue, G. L. Semenza. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, 5510 (1995). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.92.12.5510)
• 2. G. L. Semenza, M. K. Nejfelt, S. M. Chi, S. E. Antonarakis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88, 5680 (1991). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.88.13.5680)
• 3. Q. Ke, M. Costa. Mol. Pharmacol. 70, 1469 (2006). (http://dx.doi.org/10.1124/mol.106.027029)
• 4. W. G. Kaelin Jr. Biochem. Biophys. Res. Commun. 338, 627 (2005). (http://dx.doi.org/10.1016/j.bbrc.2005.08.165)
• 5. C. J. Schofield, P. J. Ratcliffe. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 5, 343 (2004). (http://dx.doi.org/10.1038/nrm1366)
• 6. G. L. Semenza. Physiology (Bethesda) 19, 176 (2004). (http://dx.doi.org/10.1152/physiol.00001.2004)
• 7. M. Ivan, K. Kondo, H. F. Yang, W. Kim, J. Valiando, M. Ohh, A. Salic, J. M. Asara, W. S. Lane, W. G. Kaelin. Science 292, 464 (2001). (http://dx.doi.org/10.1126/science.1059817)
• 8. P. Jaakkola, D. R. Mole, Y. M. Tian, M. I. Wilson, J. Gielbert, S. J. Gaskell, A. von Kriegsheim, H. F. Hebestreit, M. Mukherji, C. J. Schofield, P. H. Maxwell, C. W. Pugh, P. J. Ratcliffe. Science 292, 468 (2001). (http://dx.doi.org/10.1126/science.1059796)
• 9. D. Lando, D. J. Peet, D. A. Whelan, J. J. Gorman and M. L. Whitelaw. Science 295, 858 (2002). (http://dx.doi.org/10.1126/science.1068592)
• 10. K. S. Hewitson, C. J. Schofield. Drug Discov. Today 9, 704 (2004). (http://dx.doi.org/10.1016/S1359-6446(04)03202-7)
• 11. M. C. Brahimi-Horn, J. Pouyssegur. Biochem. Pharmacol. 73, 450 (2007). (http://dx.doi.org/10.1016/j.bcp.2006.10.013)
• 12. G. L. Semenza. Expert Opin. Ther. Targets 10, 267 (2006). (http://dx.doi.org/10.1517/14728222.10.2.267)
• 13. M. L. Coleman, P. J. Ratcliffe. Essays Biochem. 43, 1 (2007). (http://dx.doi.org/10.1042/BSE0430001)
• 14. E. Metzen, P. J. Ratcliffe. Biol. Chem. 385, 223 (2004). (http://dx.doi.org/10.1515/BC.2004.016)
• 15. A. Ozer, R. K. Bruick. Nat. Chem. Biol. 3, 144 (2007). (http://dx.doi.org/10.1038/nchembio863)
• 16. M. Ema, S. Taya, N. Yokotani, K. Sogawa, Y. Matsuda, Y. Fujii-Kuriyama. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 4273 (1997). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.94.9.4273)
• 17. Y. Z. Gu, S. M. Moran, J. B. Hogenesch, L. Wartman, C. A. Bradfield. Gene Expr. 7, 205 (1998).
• 18. Y. Makino, R. H. Cao, K. Svensson, G. R. Bertilsson, M. Asman, H. Tanaka, Y. H. Cao, A. Berkenstam, L. Poellinger. Nature 414, 550 (2001). (http://dx.doi.org/10.1038/35107085)
• 19. N. Masson, C. Willam, P. H. Maxwell, C. W. Pugh, P. J. Ratcliffe. EMBO J. 20, 5197 (2001). (http://dx.doi.org/10.1093/emboj/20.18.5197)
• 20. P. H. Maxwell, C. W. Pugh, P. J. Ratcliffe. Adv. Exp. Med. Biol. 502, 365 (2001).
• 21. M. Ohh. Neoplasia 8, 623 (2006). (http://dx.doi.org/10.1593/neo.06442)
• 22. W. Kim, W. G. Kaelin Jr. Curr. Opin. Genet. Dev. 13, 55 (2003). (http://dx.doi.org/10.1016/S0959-437X(02)00010-2)
• 23. N. Sang, J. Fang, V. Srinivas, I. Leshchinsky, J. Caro. Mol. Cell. Biol. 22, 2984 (2002). (http://dx.doi.org/10.1128/MCB.22.9.2984-2992.2002)
• 24. R. J. Kewley, M. L. Whitelaw, A. Chapman-Smith. Int. J. Biochem. Cell. Biol. 36, 189 (2004). (http://dx.doi.org/10.1016/S1357-2725(03)00211-5)
• 25. G. L. Semenza. Sci. STKE 407, cm8 (2007). (http://dx.doi.org/10.1126/stke.4072007cm8)
• 26. D. Peet, S. Linke. Novartis Found. Symp. 272, 37 (2006). See also discussion on pp. 49-53, 131-140.
• 27. I. P. Stolze, D. R. Mole, P. J. Ratcliffe. Novartis Found. Symp. 272, 15 (2006). See also discussion on pp. 25-36.
• 28. W. C. Hon, M. I. Wilson, K. Harlos, T. D. W. Claridge, C. J. Schofield, C. W. Pugh, P. H. Maxwell, P. J. Ratcliffe, D. I. Stuart, E. Y. Jones. Nature 417, 975 (2002). (http://dx.doi.org/10.1038/nature00767)
• 29. J. H. Min, H. F. Yang, M. Ivan, F. Gertler, W. G. Kaelin, N. P. Pavletich. Science 296, 1886 (2002). (http://dx.doi.org/10.1126/science.1073440)
• 30. C. L. Jenkins, R. T. Raines. Nat. Prod. Rep. 19, 49 (2002). (http://dx.doi.org/10.1039/a903001h)
• 31. S. J. Freedman, Z.-Y. J. Sun, F. Poy, A. L. Kung, D. M. Livingston, G. Wagner, M. J. Eck. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 5367 (2002). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.082117899)
• 32. S. A. Dames, M. Martinez-Yamout, R. N. De Guzman, H. J. Dyson, P. E. Wright. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 5271 (2002). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.082121399)
• 33. L. A. McNeill, K. S. Hewitson, T. D. W. Claridge, J. F. Seibel, L. E. Horsfall, C. J. Schofield. Biochem. J. 367, 571 (2002). (http://dx.doi.org/10.1042/BJ20021162)
• 34. R. K. Bruick, S. L. McKnight. Science 294, 1337 (2001). (http://dx.doi.org/10.1126/science.1066373)
• 35. A. C. R. Epstein, J. M. Gleadle, L. A. McNeill, K. S. Hewitson, J. O'Rourke, D. R. Mole, M. Mukherji, E. Metzen, M. I. Wilson, A. Dhanda, Y. M. Tian, N. Masson, D. L. Hamilton, P. Jaakkola, R. Barstead, J. Hodgkin, P. H. Maxwell, C. W. Pugh, C. J. Schofield, P. J. Ratcliffe. Cell 107, 43 (2001). (http://dx.doi.org/10.1016/S0092-8674(01)00507-4)
• 36. D. A. Chan, P. D. Sutphin, S. E. Yen, A. J. Giaccia. Mol. Cell. Biol. 25, 6415 (2005). (http://dx.doi.org/10.1128/MCB.25.15.6415-6426.2005)
• 37. M. Hirsila, P. Koivunen, V. Gunzler, K. I. Kivirikko, J. Myllyharju. J. Biol. Chem. 278, 30772 (2003). (http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M304982200)
• 38. M. O. Landazuri, A. Vara-Vega, M. Viton, Y. Cuevas, L. del Peso. Biochem. Biophys. Res. Commun. 351, 313 (2006). (http://dx.doi.org/10.1016/j.bbrc.2006.09.170)
• 39. R. W. Welford, J. M. Kirkpatrick, L. A. McNeill, M. Puri, N. J. Oldham, C. J. Schofield. FEBS Lett. 579, 5170 (2005). (http://dx.doi.org/10.1016/j.febslet.2005.08.033)
• 40. R. P. Hausinger. Crit. Rev. Biochem. Mol. 39, 21 (2004). (http://dx.doi.org/10.1080/10409230490440541)
• 41. C. Krebs, D. Galonic Fujimori, C. T. Walsh, J. M. Bollinger Jr. Acc. Chem. Res. 40, 484 (2007). (http://dx.doi.org/10.1021/ar700066p)
• 42. C. J. Schofield, Z. H. Zhang. Curr. Opin. Struct. Biol. 9, 722 (1999). (http://dx.doi.org/10.1016/S0959-440X(99)00036-6)
• 43. M. A. McDonough, V. Li, E. Flashman, R. Chowdhury, C. Mohr, B. M. Lienard, J. Zondlo, N. J. Oldham, I. J. Clifton, J. Lewis, L. A. McNeill, R. J. Kurzeja, K. S. Hewitson, E. Yang, S. Jordan, R. S. Syed, C. J. Schofield. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 103, 9814 (2006). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.0601283103)
• 44. L. A. McNeill, E. Flashman, M. R. Buck, K. S. Hewitson, I. J. Clifton, G. Jeschke, T. D. Claridge, D. Ehrismann, N. J. Oldham, C. J. Schofield. Mol. Biosyst. 1, 321 (2005). (http://dx.doi.org/10.1039/b511249b)
• 45. D. Ehrismann, E. Flashman, D. N. Genn, N. Mathioudakis, K. S. Hewitson, P. J. Ratcliffe, C. J. Schofield. Biochem. J. 401, 227 (2007). (http://dx.doi.org/10.1042/BJ20061151)
• 46. P. Koivunen, M. Hirsila, V. Gunzler, K. I. Kivirikko, J. Myllyharju. J. Biol. Chem. 279, 9899 (2004). (http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M312254200)
• 47. P. Koivunen, M. Hirsila, K. I. Kivirikko, J. Myllyharju. J. Biol. Chem. 281, 28712 (2006). (http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M604628200)
• 48. D. Villar, A. Vara-Vega, M. O. Landazuri, L. Del Peso. Biochem. J. 408, 231 (2007). (http://dx.doi.org/10.1042/BJ20071052)
• 49. E. Flashman, E. A. L. Bagg, R. Chowdhury, J. Mecinovic, C. Loenarz, M. A. McDonough, K. S. Hewitson, C. J. Schofield. J. Biol. Chem. 283, 3808 (2007). (http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M707411200)
• 50. M. J. Percy, P. W. Furlow, P. A. Beer, T. R. Lappin, M. F. McMullin, F. S. Lee. Blood 110, 2193 (2007). (http://dx.doi.org/10.1182/blood-2007-04-084434)
• 51. M. J. Percy, Q. Zhao, A. Flores, C. Harrison, T. R. Lappin, P. H. Maxwell, M. F. McMullin, F. S. Lee. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 103, 654 (2006). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.0508423103)
• 52. K. S. Hewitson, L. A. McNeill, M. V. Riordan, Y. M. Tian, A. N. Bullock, R. W. D. Welford, J. M. Elkins, N. J. Oldham, S. Battacharya, J. Gleadle, P. J. Ratcliffe, C. W. Pugh, C. J. Schofield. J. Biol. Chem. 277, 26351 (2002). (http://dx.doi.org/10.1074/jbc.C200273200)
• 53. D. Lando, D. J. Peet, J. J. Gorman, D. A. Whelan, M. L. Whitelaw, R. K. Bruick. Genes Dev. 16, 1466 (2002). (http://dx.doi.org/10.1101/gad.991402)
• 54. P. C. Mahon, K. Hirota, G. L. Semenza. Genes Dev. 15, 2675 (2001). (http://dx.doi.org/10.1101/gad.924501)
• 55. C. E. Dann III, R. K. Bruick, J. Deisenhofer. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 15351 (2002). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.202614999)
• 56. J. M. Elkins, K. S. Hewitson, L. A. McNeill, J. F. Seibel, I. Schlemminger, C. W. Pugh, P. J. Ratcliffe, C. J. Schofield. J. Biol. Chem. 278, 1802 (2003). (http://dx.doi.org/10.1074/jbc.C200644200)
• 57. C. Lee, S. J. Kim, D. G. Jeong, S. M. Lee, S. E. Ryu. J. Biol. Chem. 278, 7558 (2003). (http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M210385200)
• 58. K. I. Kivirikko, R. Myllyla. Methods Enzymol. 82, 245 (1982). (http://dx.doi.org/10.1016/0076-6879(82)82067-3)
• 59. F. M. Vaz, R. J. Wanders. Biochem. J. 361, 417 (2002). (http://dx.doi.org/10.1042/0264-6021:3610417)
• 60. G. A. Jansen, H. R. Waterham, R. J. Wanders. Hum. Mutat. 23, 209 (2004). (http://dx.doi.org/10.1002/humu.10315)
• 61. M. A. McDonough, K. L. Kavanagh, D. Butler, T. Searls, U. Oppermann, C. J. Schofield. J. Biol. Chem. 280, 41101 (2005). (http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M507528200)
• 62. J. Stenflo, E. Holme, S. Lindstedt, N. Chandramouli, L. H. T. Huang, J. P. Tam, R. B. Merrifield. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86, 444 (1989). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.86.2.444)
• 63. J. Stenflo, A. Lundwall, B. Dahlback. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84, 368 (1987). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.84.2.368)
• 64. J. E. Dinchuk, R. J. Focht, J. A. Kelley, N. L. Henderson, N. I. Zolotarjova, R. Wynn, N. T. Neff, J. Link, R. M. Huber, T. C. Burn, M. J. Rupar, M. R. Cunningham, B. H. Selling, J. Ma, A. A. Stern, G. F. Hollis, R. B. Stein, P. A. Friedman. J. Biol. Chem. 277, 12970 (2002). (http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M110389200)
• 65. Y. Mishina, C. He. J. Inorg. Biochem. 100, 670 (2006). (http://dx.doi.org/10.1016/j.jinorgbio.2005.12.018)
• 66. B. Sedgwick, P. A. Bates, J. Paik, S. C. Jacobs, T. Lindahl. DNA Repair (Amst). 6, 429 (2007). (http://dx.doi.org/10.1016/j.dnarep.2006.10.005)
• 67. E. P. Cummins, E. Berra, K. M. Comerford, A. Ginouves, K. T. Fitzgerald, F. Seeballuck, C. Godson, J. E. Nielsen, P. Moynagh, J. Pouyssegur, C. T. Taylor. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 103, 18154 (2006). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.0602235103)
• 68. A. V. Kuznetsova, J. Meller, P. O. Schnell, J. A. Nash, M. L. Ignacak, Y. Sanchez, J. W. Conaway, R. C. Conaway, M. F. Czyzyk-Krzeska. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100, 2706 (2003). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.0436037100)
• 69. M. E. Cockman, D. E. Lancaster, I. P. Stolze, K. S. Hewitson, M. A. McDonough, M. L. Coleman, C. H. Coles, X. Yu, R. T. Hay, S. C. Ley, C. W. Pugh, N. J. Oldham, N. Masson, C. J. Schofield, P. J. Ratcliffe. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 103, 14767 (2006). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.0606877103)
• 70. C. T. Walsh. Posttranslational Modification of Proteins. Expanding Nature's Inventory, Roberts, Englewood, CO (2005).
• 71. M. L. Coleman, M. A. McDonough, K. S. Hewitson, C. Coles, J. Mecinovic, M. Edelmann, K. M. Cook, M. E. Cockman, D. E. Lancaster, B. M. Kessler, N. J. Oldham, P. J. Ratcliffe, C. J. Schofield. J. Biol. Chem. 282, 24027 (2007). (http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M704102200)
• 72. K. S. Hewitson, N. Granatino, R. W. Welford, M. A. McDonough, C. J. Schofield. Philos. Transact. A, Math. Phys. Eng. Sci. 363, 807 (2005). See also discussion on pp. 1035-1040.
• 73. R. J. Klose, Y. Zhang. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 8, 307 (2007). (http://dx.doi.org/10.1038/nrm2143)
• 74. P. M. Clissold, C. P. Ponting. Trends Biochem. Sci. 26, 7 (2001). (http://dx.doi.org/10.1016/S0968-0004(00)01700-X)
• 75. Y. Tsukada, J. Fang, H. Erdjument-Bromage, M. E. Warren, C. H. Borchers, P. Tempst, Y. Zhang. Nature 439, 811 (2006). (http://dx.doi.org/10.1038/nature04433)
• 76. J. R. Whetstine, A. Nottke, F. Lan, M. Huarte, S. Smolikov, Z. Chen, E. Spooner, E. Li, G. Zhang, M. Colaiacovo, Y. Shi. Cell 125, 467 (2006). (http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2006.03.028)
• 77. Y. Shi, F. Lan, C. Matson, P. Mulligan, J. R. Whetstine, P. A. Cole, R. A. Casero, Y. Shi. Cell 119, 941 (2004). (http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2004.12.012)
• 78. T. M. Frayling, N. J. Timpson, M. N. Weedon, E. Zeggini, R. M. Freathy, C. M. Lindgren, J. R. Perry, K. S. Elliott, H. Lango, N. W. Rayner, B. Shields, L. W. Harries, J. C. Barrett, S. Ellard, C. J. Groves, B. Knight, A. M. Patch, A. R. Ness, S. Ebrahim, D. A. Lawlor, S. M. Ring, Y. BenShlomo, M. R. Jarvelin, U. Sovio, A. J. Bennett, D. Melzer, L. Ferrucci, R. J. Loos, I. Barroso, N. J. Wareham, F. Karpe, K. R. Owen, L. R. Cardon, M. Walker, G. A. Hitman, C. N. Palmer, A. S. Doney, A. D. Morris, G. D. Smith, A. T. Hattersley, M. I. McCarthy. Science 316, 889 (2007). (http://dx.doi.org/10.1126/science.1141634)
• 79. T. Gerken, C. A. Girard, Y. C. Tung, C. J. Webby, V. Saudek, K. S. Hewitson, G. S. Yeo, M. A. McDonough, S. Cunliffe, L. A. McNeill, J. Galvanovskis, P. Rorsman, P. Robins, X. Prieur, A. P. Coll, M. Ma, Z. Jovanovic, I. S. Farooqi, B. Sedgwick, I. Barroso, T. Lindahl, C. P. Ponting, F. M. Ashcroft, S. O'Rahilly, C. J. Schofield. Science 318, 1469 (2007). (http://dx.doi.org/10.1126/science.1151710)