Pure and Applied Chemistry

Pure Appl. Chem., 2008, Vol. 80, No. 12, pp. 2667-2678

http://dx.doi.org/10.1351/pac200880122667

Structural chemistry involved in information detection and transmission by gas sensor heme proteins: Resonance Raman investigation

References

• 1. K. R. Rodgers. Curr. Opin. Chem. Biol. 3, 158 (1999). (http://dx.doi.org/10.1016/S1367-5931(99)80028-3)
• 2. M. K. Chan. Curr. Opin. Chem. Biol. 5, 216 (2001). (http://dx.doi.org/10.1016/S1367-5931(00)00193-9)
• 3. S. Aono, H. Nakajima. Coord. Chem. Rev. 190-192, 267 (1999). (http://dx.doi.org/10.1016/S0010-8545(99)00070-3)
• 4. M.-A. Gilles-Gonzalez, G. Gonzalez. J. Inorg. Biochem. 99, 1 (2005). (http://dx.doi.org/10.1016/j.jinorgbio.2004.11.006)
• 5. T. Uchida, T. Kitagawa. Acc. Chem. Res. 38, 662 (2005). (http://dx.doi.org/10.1021/ar030267d)
• 6. Y. Sasakura, T. Yoshimura-Suzuki, H. Kurokawa, T. Shimizu. Acc. Chem. Res. 39, 37 (2006). (http://dx.doi.org/10.1021/ar0501525)
• 7. D. Shelver, R. L. Kerby, Y. He, G. P. Roberts. J. Bacteriol. 177, 2157 (1995).
• 8. S. Aono, H. Nakajima, K. Saito, M. Okada. Biochem. Biophys. Res. Commun. 228, 752 (1996). (http://dx.doi.org/10.1006/bbrc.1996.1727)
• 9. S. Aono. Acc. Chem. Res. 36, 825 (2003). (http://dx.doi.org/10.1021/ar020097p)
• 10. E. M. Dioum, J. Rutter, J. R. Tuckerman, G. Gonzalez, M. A. Gilles-Gonzalez, S. L. McKnight. Science 298, 2385 (2002). (http://dx.doi.org/10.1126/science.1078456)
• 11. I. Ruiz-Stewart, S. R. Tiyyagura, J. E. Lin, S. Kazerounian, G. M. Pitari, S. Schulz, E. Martin, F. Murad, S. A. Waldman. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101, 37 (2004). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.0305080101)
• 12. M. Russwurm, D. Koesling. EMBO J. 23, 4443 (2004). (http://dx.doi.org/10.1038/sj.emboj.7600422)
• 13. E. M. Boon, S. H. Huang, M. A. Marletta. Nat. Chem. Biol. 1, 53 (2005). (http://dx.doi.org/10.1038/nchembio704)
• 14. M. A. Gilles-Gonzalez, G. S. Ditta, D. R. Helinski. Nature 350, 170 (1991). (http://dx.doi.org/10.1038/350170a0)
• 15. W. Gong, B. Hao, S. S. Mansy, G. Gonzalez, M. A. Gilles-Gonzalez, M. K. Chan. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 15177 (1998). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.95.26.15177)
• 16. H. Nakamura, H. Kumita, K. Imai, T. Iizuka, Y. Shiro. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101, 2742 (2004). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.0305795101)
• 17. A. L. Chang, J. R. Tuckerman, G. Gonzalez, R. Mayer, H. Weinhouse, G. Volman, D. Amikam, M. Benziman, M.-A. Gilles-Gonzalez. Biochemistry 40, 3420 (2001). (http://dx.doi.org/10.1021/bi0100236)
• 18. D. R. Sherman, M. Voskuil, D. Schnappinger, R. Liao, M. I. Harrell, G. K. Schoolnik. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 7534 (2001). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.121172498)
• 19. M. I. Voskuil, D. Schnappinger, K. C. Visconti, M. I. Harrell, G. M. Dolganov, D. R. Sherman, G. K. Schoolnik. J. Exp. Med. 198, 705 (2003). (http://dx.doi.org/10.1084/jem.20030205)
• 20. E. Henrique, S. Sousa, J. R. Tuckerman, G. Gonzalez, M.-A. Gilles-Gonzalez. Protein Sci. 16, 1708 (2007). (http://dx.doi.org/10.1110/ps.072897707)
• 21. D. K. Saini, V. Malhotra, D. Dey, N. Pant, T. K. Das, J. S. Tyagi. Microbiology 150, 865 (2004). (http://dx.doi.org/10.1099/mic.0.26218-0)
• 22. A. F. Cunningham, C. L. Spreadbury. J. Bacteriol. 180, 801 (1998).
• 23. B. Y. Lee, S. A. Hefta, P. J. Brennan. Infect. Immun. 60, 2066 (1992).
• 24. S. Hou, R. W. Larsen, D. Boudko, C. W. Riley, E. Karatan, M. Zimmer, G. W. Ordal, M. Alam. Nature 403, 540 (2000). (http://dx.doi.org/10.1038/35000570)
• 25. S. Hou, T. Freitas, R. W. Larsen, M. Piatibratov, V. Sivozhelezov, A. Yamamoto, E. A. Meleshkevitch, M. Zimmer, G. W. Ordal, M. Alam. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 9353 (2001). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.161185598)
• 26. S. Aono, T. Kato, M. Matsuki, H. Nakajima, T. Ohta, T. Uchida, T. Kitagawa. J. Biol. Chem. 277, 13528 (2002). (http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M112256200)
• 27. W. Zhang, J. S. Olson, G. N. Phillips. Biophys. J. 88, 2801 (2005). (http://dx.doi.org/10.1529/biophysj.104.047936)
• 28. T. Ohta, T. Kitagawa. Inorg. Chem. 44, 758 (2005). (http://dx.doi.org/10.1021/ic0486318)
• 29. H. Szurmant, G. W. Ordal. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 68, 301 (2004). (http://dx.doi.org/10.1128/MMBR.68.2.301-319.2004)
• 30. D. S. Bischoff, G. W. Ordal. Mol. Microbiol. 6, 23 (1992). (http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2958.1992.tb00833.x)
• 31. L. F. Garrity, G. W. Ordal. Pharmacol. Ther. 68, 87 (1995). (http://dx.doi.org/10.1016/0163-7258(95)00027-5)
• 32. V. M. Delgado-Nixon, G. Gonzalez, M.-A. Gilles-Gonzalez. Biochemistry 39, 2685 (2000). (http://dx.doi.org/10.1021/bi991911s)
• 33. Y. Sasakura, S. Hirata, S. Sugiyama, S. Suzuki, S. Taguchi, M. Watanabe, T. Matsui, I. Sagami, T. Shimizu. J. Biol. Chem. 277, 23821 (2002). (http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M202738200)
• 34. H. Takahashi, T. Shimizu. Chem. Lett. 35, 970 (2006). (http://dx.doi.org/10.1246/cl.2006.970)
• 35. A. Tanaka, H. Takahashi, T. Shimizu. J. Biol. Chem. 282, 21301 (2007). (http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M701920200)
• 36. T. G. Spiro, X.-Y. Li. Biological Applications of Raman Spectroscopy, Vol. 3, pp. 1-37, John Wiley, New York (1988).
• 37. M. Abe, T. Kitagawa, Y. Kyogoku. J. Chem. Phys. 69, 4526 (1978). (http://dx.doi.org/10.1063/1.436450)
• 38. T. G. Spiro, J. D. Stong, P. Stein. J. Am. Chem. Soc. 101, 2648 (1979). (http://dx.doi.org/10.1021/ja00504a027)
• 39. T. Kitagawa. In Biological Applications of Raman Spectroscopy, Vol. 3, T. G. Spiro (Ed.), pp. 97-130, Wiley-Interscience, New York (1988).
• 40. N.-T. Yu, E. A. Kerr. In Biological Applications of Raman Spectroscopy, Vol. 3, T. G. Spiro (Ed.), pp. 39-95, Wiley-Interscience, New York (1988).
• 41. I. Harada, H. Takeuchi. In Spectroscopy of Biological Systems, Advances in Spectroscopy, R. J. H. Clark, R. E. Hester (Eds.), pp. 113-175, John Wiley, Chichester, UK (1986).
• 42. J. C. Austin, T. Jordan, T. G. Spiro. In Biomolecular Spectroscopy, Part A, Advances in Spectroscopy, R. J. H. Clark, R. E. Hester (Eds.), pp 55-127, John Wiley, Chichester, UK (1993).
• 43. H. Takeuchi. Biopolymers 72, 305 (2003). (http://dx.doi.org/10.1002/bip.10440)
• 44. K. R. Rodgers, C. Su, S. Subramaniam, T. G. Spiro. J. Am. Chem. Soc. 114, 3697 (1992). (http://dx.doi.org/10.1021/ja00036a019)
• 45. Y. Gao, S. F. El-Mashtoly, B. Pal, T. Hayashi, K. Harada, T. Kitagawa. J. Biol. Chem. 281, 24637 (2006). (http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M603198200)
• 46. M. Kubo, S. Inagaki, S. Yoshioka, T. Uchida, Y. Mizutani, S. Aono, T. Kitagawa. J. Biol. Chem. 281, 11271 (2006). (http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M513261200)
• 47. S. F. El-Mashtoly, S. Yamauchi, M. Kumauchi, N. Hamada, F. Tokunaga, M. Unno. J. Phys. Chem. B 109, 23666 (2005). (http://dx.doi.org/10.1021/jp054772z)
• 48. G. S. Kachalova, A. N. Popov, H. D. Bartunik. Science 284, 473 (1999). (http://dx.doi.org/10.1126/science.284.5413.473)
• 49. G. Gonzalez, E. M. Dioum, C. M. Bertolucci, T. Tomita, M. Ikeda-Saito, M. R. Cheesman, N. J. Watmough, M.-A. Gilles-Gonzalez. Biochemistry 41, 8414 (2002). (http://dx.doi.org/10.1021/bi025845x)
• 50. A. Sato, Y. Sasakura, S. Sugiyama, I. Sagami, T. Shimizu, Y. Mizutani, T. Kitagawa. J. Biol. Chem. 277, 32650 (2002). (http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M204559200)
• 51. T. Tomita, G. Gonzalez, A. L. Chang, M. Ikeda-Saito, M.-A. Gilles-Gonzalez. Biochemistry 41, 4819 (2002). (http://dx.doi.org/10.1021/bi0158831)
• 52. S. Hirata, T. Matsui, Y. Sasakura, S. Sugiyama, T. Yoshimura, I. Sagami, T. Shimizu. Eur. J. Biochem. 270, 4771 (2003). (http://dx.doi.org/10.1046/j.1432-1033.2003.03879.x)
• 53. S. F. El-Mashtoly, S. Nakashima, A. Tanaka, T. Shimizu, T. Kitagawa. J. Biol. Chem. 283, 19000 (2008). (http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M801262200)
• 54. H. Kurokawa, D.-S. Lee, M. Watanabe, I. Sagami, B. Mikami, C. S. Raman, T. Shimizu. J. Biol. Chem. 279, 20186 (2004). (http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M314199200)
• 55. H. J. Park, C. Suquet, J. D. Satterlee, C. Kang. Biochemistry 43, 2738 (2004). (http://dx.doi.org/10.1021/bi035980p)
• 56. W. N. Lanzilotta, D. J. Schuller, M. V. Thorsteinsson, R. L. Kerby, G. P. Roberts, T. L. Poulos. Nat. Struct. Biol. 7, 876 (2000). (http://dx.doi.org/10.1038/82820)
• 57. S. Taguchi, T. Matsui, J. Igarashi, Y. Sasakura, Y. Araki, O. Ito, S. Sugiyama, I. Sagami, T. Shimizu. J. Biol. Chem. 279, 3340 (2004). (http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M301013200)
• 58. U. Liebl, L. Bouzhir-Sima, L. Kiger, M. C. Marden, J.-C. Lambry, M. Negrerie, M. H. Vos. Biochemistry 42, 6527 (2003). (http://dx.doi.org/10.1021/bi027359f)
• 59. S. F. El-Mashtoly, H. Takahashi, T. Shimizu, T. Kitagawa. J. Am. Chem. Soc. 129, 3556 (2007). (http://dx.doi.org/10.1021/ja0669777)
• 60. S. F. El-Mashtoly, H. Takahashi, H. Kurokawa, A. Sato, T. Shimizu, T. Kitagawa. J. Raman Spectrosc. 39, 1614 (2008). (http://dx.doi.org/10.1002/jrs.2035)
• 61. S. Crosson, S. Rajagopal, K. Moffat. Biochemistry 42, 2 (2003). (http://dx.doi.org/10.1021/bi026978l)
• 62. M. Watanabe, H. Kurokawa, T. Yoshimura-Suzuki, I. Sagami, T. Shimizu. Eur. J. Biochem. 271, 3937 (2004). (http://dx.doi.org/10.1111/j.1432-1033.2004.04331.x)
• 63. W. Zhang, G. N. Phillips. Structure 11, 1097 (2003). (http://dx.doi.org/10.1016/S0969-2126(03)00169-2)
• 64. T. Ohta, H. Yoshimura, S. Yoshioka, S. Aono, T. Kitagawa. J. Am. Chem. Soc. 126, 15000 (2004). (http://dx.doi.org/10.1021/ja046896f)
• 65. H. Yoshimura, S. Yoshioka, K. Kobayashi, T. Ohta, T. Uchida, M. Kubo, T. Kitagawa, S. Aono. Biochemistry 45, 8301 (2006). (http://dx.doi.org/10.1021/bi060315c)
• 66. J. F. Cerda-Colon, E. Silfa, J. Lopez-Garriga. J. Am. Chem. Soc. 120, 9312 (1998). (http://dx.doi.org/10.1021/ja972654m)
• 67. S. Hu, I. K. Morris, J. P. Singh, K. M. Smith, T. G. Spiro. J. Am. Chem. Soc. 115, 12446 (1993). (http://dx.doi.org/10.1021/ja00079a028)
• 68. E. S. Peterson, J. M. Friedman, Y. E. T. Chien, S. G. Sligar. Biochemistry 37, 12301 (1998). (http://dx.doi.org/10.1021/bi980752u)
• 69. H. E. Van Wart, J. Zimmer. J. Biol. Chem. 260, 8372 (1985).
• 70. S. F. El-Mashtoly, Y. Gu, H. Yoshimura, S. Yoshioka, S. Aono, T. Kitagawa. J. Biol. Chem. 283, 6942 (2008). (http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M709209200)
• 71. K. M. Ottemann, W. Xiao, Y.-K. Shin, D. E. Koshland. Science 285, 1751 (1999). (http://dx.doi.org/10.1126/science.285.5434.1751)
• 72. H. Szurmant, M. W. Bunn, S. H. Cho, G. W. Ordal. J. Mol. Biol. 344, 919 (2004). (http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.09.093)