Pure and Applied Chemistry

Pure Appl. Chem., 2007, Vol. 79, No. 4, pp. 811-823

http://dx.doi.org/10.1351/pac200779040811

Phytochemical genomics in Arabidopsis thaliana: A case study for functional identification of flavonoid biosynthesis genes

References

• 1. R. A. Dixon, D. Strack. Phytochemistry 62, 815 (2003). (http://dx.doi.org/10.1016/S0031-9422(02)00712-4)
• 2. J. B. Harborne (Ed.). The Flavonoid: Advances in Research Since 1986, Chapman & Hall, London (1994).
• 3. T. L. Graham. Plant Physiol. Biochem. 36, 135 (1998). (http://dx.doi.org/10.1016/S0981-9428(98)80098-3)
• 4. M. Veit, G. F. Pauli. J. Nat. Prod. 62, 1301 (1999). (http://dx.doi.org/10.1021/np990080o)
• 5. S. J. Bloor, S. Abrahams. Phytochemistry 59, 343 (2002). (http://dx.doi.org/10.1016/S0031-9422(01)00460-5)
• 6. B. Winkel-Shirley. Plant Physiol. 126, 485 (2001). (http://dx.doi.org/10.1104/pp.126.2.485)
• 7. P. Jones, B. Messner, J. Nakajima, A. R. Schaffner, K. Saito. J. Biol. Chem. 278, 43910 (2003). (http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M303523200)
• 8. T. Tohge, Y. Nishiyama, M. Y. Hirai, M. Yano, J. Nakajima, M. Awazuhara, E. Inoue, H.Takahashi, D. B. Goodenowe, M. Kitayama, M. Noji, M. Yamazaki, K. Saito. Plant J. 42, 218 (2005). (http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-313X.2005.02371.x)
• 9. O. Fiehn. Plant Mol. Biol. 48, 155 (2002). (http://dx.doi.org/10.1023/A:1013713905833)
• 10. R. J. Bino, R. D. Hall, O. Fiehn, J. Kopka, K. Saito, J. Draper, B. J. Nikolau, P. Mendes, U.Roessner-Tunali, M. H. Beale, R. N. Trethewey, B. M. Lange, E. S. Wurtele, L. W. Sumner. Trends Plant Sci. 9, 418 (2004). (http://dx.doi.org/10.1016/j.tplants.2004.07.004)
• 11. J. Kopka, A. Fernie, W. Weckwerth, Y. Gibon, M. Stitt. Genome Biol. 5, 109 (2004). (http://dx.doi.org/10.1186/gb-2004-5-6-109)
• 12. K. M. Oksman-Caldentey, K. Saito. Curr. Opin. Biotechnol. 16, 174 (2005). (http://dx.doi.org/10.1016/j.copbio.2005.02.007)
• 13. A. Goossens, S. T. Hakkinen, I. Laakso, T. Seppanen-Laakso, S. Biondi, V. De Sutter, F.Lammertyn, A. M. Nuutila, H. Soderlund, M. Zabeau, D. Inze, K. M. Oksman-Caldentey. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100, 8595 (2003). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.1032967100)
• 14. M. Y. Hirai, M. Yano, D. B. Goodenowe, S. Kanaya, T. Kimura, M. Awazuhara, M. Arita, T.Fujiwara, K. Saito. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101, 10205 (2004). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.0403218101)
• 15. M. Y. Hirai, K. Marion, Y. Fujikawa, M. Yano, D. B. Goodenowe, Y. Yamazaki, S. Kanaya, Y.Nakamura, M. Kitayama, H. Suzuki, N. Sakurai, D. Shibata, J. Tokuhisa, M. Reichelt, J.Gershenzon, J. Papenbrock, K. Saito. J. Biol. Chem. 280, 25590 (2005). (http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M502332200)
• 16. T. Tokimatsu, N. Sakurai, H. Suzuki, H. Ohta, K. Nishitani, T. Koyama, T. Umezawa, N. Misawa, K. Saito, D. Shibata. Plant Physiol. 138, 289 (2005). (http://dx.doi.org/10.1104/pp.105.060525)
• 17. P. Zhang, H. Foerster, C. P. Tissier, L. Mueller, S. Paley, P. D. Karp, S. Y. Rhee. Plant Physiol. 138, 27 (2005). (http://dx.doi.org/10.1104/pp.105.060376)
• 18. O. Thimm, O. Blasing, Y. Gibon, A. Nagel, S. Meyer, P. Kruger, J. Selbig, L. A. Muller, S. Y. Rhee, M. Stitt. Plant J. 37, 914 (2004). (http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-313X.2004.02016.x)
• 19. T. Obayashi, K. Kinoshita, K. Nakai, M. Shibaoka, S. Hayashi, M. Saeki, D. Shibata, K. Saito, H. Ohta. Nucleic Acids Res. 35, D863 (2007). (http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkl783)
• 20. D. Steinhauser, B. Usadel, A. Luedemann, O. Thimm, J. Kopka. Bioinformatics 12, 3647 (2004). (http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/bth398)
• 21. C. H. Jen, I. W. Manfield, I. Michalopoulos, J. W. Pinney, W. G. Willats, P. M. Gilmartin, D. R. Westhead. Plant J. 46, 336 (2006). (http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-313X.2006.02681.x)
• 22. S. Persson, H. Wei, J. Milne, G. P. Page, C. R. Somerville. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102, 8633 (2005). (http://dx.doi.org/10.1073/pnas.0503392102)
• 23. J. Lisso, D. Steinhauser, T. Altmann, J. Kopka, C. Mussig. Nucleic Acids Res. 33, 2685 (2005). (http://dx.doi.org/10.1093/nar/gki566)
• 24. C. M. M. Gachon, M. Langlois-Meurinne, Y. Henry, P. Saidrenan. Plant Mol. Biol. 58, 229 (2005). (http://dx.doi.org/10.1007/s11103-005-5346-5)
• 25. M. Noji, C. G. Kawashima, T. Obayashi, K. Saito. Amino Acids 30, 163 (2006). (http://dx.doi.org/10.1007/s00726-005-0253-2)
• 26. H. Wei, S. Persson, T. Mehta, V. Srinivasasainagendra, L. Chen, G. P. Page, C. Somerville, A.Loraine. Plant Physiol. 142, 762 (2006). (http://dx.doi.org/10.1104/pp.106.080358)
• 27. J. M. Alonso, A. N. Stepanova, T. J. Leisse, C. J. Kim, H. Chen, P. Shinn, D. K. Stevenson, J.Zimmerman, P. Barajas, R. Cheuk, C. Gadrinab, C. Heller, A. Jeske, E. Koesema, C. C. Meyers, H. Parker, L. Prednis, Y. Ansari, N. Choy, H. Deen, M. Geralt, N. Hazari, E. Hom, M. Karnes, C.Mulholland, R. Ndubaku, I. Schmidt, P. Guzman, L. Aguilar-Henonin, M. Schmid, D. Weigel, D. E. Carter, T. Marchand, E. Risseeuw, D. Brogden, A. Zeko, W. L. Crosby, C. C. Berry, J. R. Ecker. Science 301, 653 (2003). (http://dx.doi.org/10.1126/science.1086391)
• 28. M. Seki, M. Narusaka, A. Kamiya, J. Ishida, M. Satou, T. Sakurai, M. Nakajima, A. Enju, K.Akiyama, Y. Oono, M. Muramatsu, Y. Hayashizaki, J. Kawai, P. Carninci, M. Itoh, Y. Ishii, T.Arakawa, K. Shibata, A. Shinagawa, K. Shinozaki. Science 296, 141 (2002). (http://dx.doi.org/10.1126/science.1071006)
• 29. B. W. Shirley, W. L. Kubasek, G. Storz, E. Bruggemann, M. Koornneef, F. M. Ausubel, H. M. Goodman. Plant J. 8, 659 (1995). (http://dx.doi.org/10.1046/j.1365-313X.1995.08050659.x)
• 30. N. Shikazono, Y. Yokota, S. Kitamura, C. Suzuki, H. Watanabe, S. Tano, A. Tanaka. Genetics 163, 1449 (2003).
• 31. C. Schoenbohm, S. Martens, C. Eder, G. Forkmann, B. Weisshaar. Biol. Chem. 381, 749 (2000). (http://dx.doi.org/10.1515/BC.2000.095)
• 32. T. Goujon, R. Sibout, B. Pollet, B. Maba, L. Nussaume, N. Bechtold, F. Lu, J. Ralph, I. Mila, Y.Barriere, C. Lapierre, L. Jouanin. Plant Mol. Biol. 51, 973 (2003). (http://dx.doi.org/10.1023/A:1023022825098)
• 33. L. Lepiniec, I. Debeaujon, J. N. Routaboul, A. Baudry, L. Pourcel, N. Nesi, M. Caboche. Annu. Rev. Plant Biol. 57, 405 (2006). (http://dx.doi.org/10.1146/annurev.arplant.57.032905.105252)
• 34. I. Muzac, J. Wang, D. Anzellotti, H. Zhang, R. K. Ibrahim. Arch. Biochem. Biophys. 375, 385 (2000). (http://dx.doi.org/10.1006/abbi.1999.1681)
• 35. F. Mehrtens, H. Kranz, P. Bednarek, B. Weisshaar. Plant Physiol. 138, 1083 (2005). (http://dx.doi.org/10.1104/pp.104.058032)
• 36. J. O. Borevitz, Y. Xia, J. Blount, R. A. Dixon, C. Lamb. Plant Cell 12, 2383 (2000). (http://dx.doi.org/10.1105/tpc.12.12.2383)
• 37. S. B. Sharma, R. A. Dixon. Plant J. 44, 62 (2005). (http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-313X.2005.02510.x)
• 38. N. Nesi, I. Debeaujon, C. Jond, G. Pelletier, M. Caboche, L. Lepiniec. Plant Cell 12, 1863 (2000). (http://dx.doi.org/10.1105/tpc.12.10.1863)